职工因自身疾病不能继续工作时，可能面临以下法律风险。
1. 诉讼时效风险：劳动争议仲裁时效为1年，若单位拖欠病假工资，职工需在知道权益被侵害之日起1年内申请仲裁，否则丧失胜诉权。例如，职工2023年1月发现病假工资被拖欠，2024年2月才申请仲裁，将因超过时效被驳回；
2. 证据链风险：缺乏正规医疗证明或工资记录，导致无法证明医疗期合理性或工资差额。例如，职工仅提供私人诊所的手写证明，单位以证明无效为由拒绝支付病假工资。
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职工因自身疾病不能继续工作时，需避免以下常见错误操作。
1. 未及时提交医疗证明：仅口头告知单位患病，未提供正规诊断证明，导致单位不认可医疗期，拒绝支付病假工资；
2. 自行离职放弃权益：医疗期内未与单位协商直接离职，错失病假工资领取机会；
3. 忽视仲裁时效：单位拖欠病假工资后，超过1年未申请劳动仲裁，丧失胜诉权。
若已出现上述错误，或对权益有疑问，建议及时咨询律师，避免损失扩大。
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针对职工因自身疾病不能继续工作的工资问题，可依据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》明确法律依据。
根据1994年发布的《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条，职工因自身疾病停止工作医疗时，医疗期长度按实际工作年限和本单位工作年限确定：实际工作年限10年以下、本单位工作5年以下为3个月，5年以上为6个月；实际工作年限10年以上、本单位工作5年以下为6个月，5-10年为9个月，10-15年为12个月，15-20年为18个月，20年以上为24个月。医疗期内，单位需按不低于当地最低工资80%支付病假工资（地方有更高规定从其规定）。因此，职工在医疗期内有权领取病假工资，医疗期满后若无法工作，单位解除合同需支付经济补偿。
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职工因自身疾病不能继续工作时，存在以下特殊情况影响处理结果。
1. 医疗期延长：若职工病情严重，经劳动能力鉴定委员会确认，可延长医疗期（如癌症患者经确认可延长6个月），延长期间仍可领取病假工资；
2. 单位未缴纳社保：若单位未为职工缴纳医疗保险，职工医疗费用无法报销，同时病假工资可能被单位克扣，需同时主张社保补缴和工资支付；
3. 职工在试用期患病：试用期职工仍享受医疗期，单位不得因试用期患病解除劳动合同，需按规定支付病假工资，否则构成违法解除。

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